原則として独立採算制を採っている

事業体としての経理を明確にするために採用された特別会計制度がその基になっており、国立病院の収支は国の一般会計（予算）と区分されているのです。具体的には、設営主体の国が病院の収益をあて込んで一般会計に繰り入れるようなことはしない代わり、病院はふだんから計上収益を病院特別会計の積立金として貯めておき、もし経営で赤字が出たときは「積立金で赤字を補塡しなさいよ」というのが特別会計制度なのです。
療養所を含め国立病院はほとんど歳入（収入）不足、つまり赤字を計上し続けており、逆に一般会計からの繰り入れで急場を凌いでいるのが実態です。