１９９４年から始めた運営費の助成

経営上、自治体の金庫がバックに控えているところも国立病院と同様です。さらに、自治体病院に対しては、国からも直接助成措置をとっています。
決算で赤字となった医療機関のうち、不採算地区の病院・救急医療施設・がん診療施設・小児医療施設・医学的リハビリテーション施設に対して金銭面での支援を続けています。
いうまでもなく公立病院・診療所職員は医療専門職・事務員ともに、地方公務員です。給与面では、最近は国家公務員の水準まで下げる方向で是正されてきているものの、医療職・事務職を問わず自治体のほうが高いところがまだかなりあります。